و كان في وصيّة أمير المؤمنين (عليه السلام) إلى ولده ذكر محمّد بن علي و الوصاة به، و سمّاه رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله و سلّم)، و عرّفه بباقر العلم، على ما رواه أصحاب الآثار.

و ممّا روي عن جابر بن عبد اللّه في حديث مجرّد أنّه قال: قال لي رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله و سلّم): يوشك أن تبقى حتّى تلقى ولدا من الحسين، يقال له محمّد، يبقر علم الدين بقرا، فإذا لقيته فاقرأه منّي السلام.

و روت الشيعة في خبر اللوح الذي هبط به جبرئيل على رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله و سلّم) من الجنّة و أعطاه فاطمة (عليهما السلام)، و فيه أسماء الأئمّة من بعده، فكان فيه محمّد بن علي الإمام بعد أبيه.

و روت فيه أيضا أنّ اللّه عزّ و جلّ أنزل إلى نبيّه كتابا مختوما باثني عشر خاتما و أمره أن يدفعه إلى أمير المؤمنين (عليه السلام)، و يأمره أن يفضّ أوّل خاتم فيه، و يعمل بما تحته، ثمّ يدفعه بعد وفاته إلى ابنه الحسن (عليه السلام)، و يأمره بفضّ الخاتم الثاني و العمل بها تحته، ثمّ يدفعه عند حضور وفاته إلى أخيه الحسين (عليه السلام) و يأمره أن يفضّ الخاتم الثالث و يعمل بما تحته، ثمّ يدفعه الحسين عند وفاته إلى ابنه علي بن الحسين (عليه السلام) و يأمره بمثل ذلك، و يدفعه علي بن الحسين عند وفاته إلى ابنه محمّد بن علي الأكبر و يأمره بمثل ذلك، ثمّ يدفعه محمّد إلى ولده حتّى ينتهي إلى آخر الأئمّة (عليهم السلام) أجمعين.

و رووا أيضا نصوصا كثيرة عليه بالإمامة بعد أبيه (عليه السلام) عن النبي (صلّى اللّه عليه و آله و سلّم) و عن أمير المؤمنين (عليه السلام)، و عن الحسن و الحسين و علي بن الحسين (عليهم السلام).