و روى عنه الناس الحديث و الآثار، و كان ابن كاسب إذا حدّث عنه يقول: حدّثني ثقة الرضا إسحاق بن جعفر، و كان إسحاق يقول بإمامة أخيه موسى (عليه السلام)، و روى عن أبيه النص بالإمامة على أخيه موسى (عليه السلام)، و كان محمّد بن جعفر سخيّا شجاعا، و كان يصوم يوما و يفطر يوما، و رأى رأي الزيديّة في الخروج بالسيف. و روي عن زوجته خديجة بنت عبد اللّه بن الحسين أنّها قالت: ما خرج من عندنا محمّد قط في ثوب حتّى يكسوه، و كان يذبح في كلّ يوم كبشا لأضيافه، و خرج على المأمون في سنة تسع و تسعين و مائة بمكّة و تبعه الزيديّة الجاروديّة، فخرج لقتاله عيسى الجلودي، ففرّق جمعه و أخذه فأنفذه إلى المأمون، فلمّا وصل إليه أكرمه المأمون و أدنى مجلسه منه، و وصله و أحسن جائزته، و كان مقيما معه بخراسان يركب إليه في موكب من بني عمّه، و كان المأمون يحتمل منه ما لا يحتمله السلطان من رعيّته. و روي أنّ المأمون أنكر ركوبه إليه في جماعة من الطالبيّين الذين خرجوا على المأمون، في سنة المائتين فآمنهم، فخرج التوقيع إليهم: لا تركبوا مع محمّد بن جعفر و اركبوا مع عبيد اللّه بن الحسين، فأبوا أن يركبوا و لزموا منازلهم، فخرج التوقيع أن اركبوا مع من أحببتم، فكانوا يركبون مع محمّد بن جعفر إذا ركب إلى المأمون و ينصرفون بانصرافه. و ذكر عن موسى بن سلمة أنّه قال: أتى إلى محمّد بن جعفر فقيل له: إنّ غلمان ذي الرئاستين قد ضربوا غلمانك على حطب اشتروه، فخرج متّزرا ببردتين و معه هراوة و هو يرتجز و يقول: الموت خير لك من عيش بذل، و تبعه الناس حتّى ضرب غلمان ذي الرئاستين، و أخذ الحطب منهم، فرفع الخبر إلى المأمون، فبعث إلى ذي