توفي (رحمة الله عليه) في المشهد الرضوي المقدّس بطوس سنة 1104 هـ، عن إحدى وسبعين سنة. دفن في ايوان بعض حجر الصحن الشريف، وتاريخ وفاته منقوش على صخرة موضوعة على قبره. وقد رثاه أخوه الشيخ أحمد قائلاً: في اليوم الحادي والعشرين من شهر رمضان سنة 1104 هـ، كان مغرب شمس الفضيلة والإفاضة والإفادة، ومحاق بدر العلم والعمل والعبادة، شيخ الإسلام والمسلمين وبقيّة الفقهاء والمحدِّثين الناطق بهداية الاُمّة وبداية الشريعة، الصادق في النصوص والمعجزات ووسائل الشيعة الإمام الخطيب الشاعر الأديب، عبد ربّه العظيم العليّ الشيخ أبو جعفر محمّد بن الحسن الحرّ العاملي المنتقل إلى رحمة باريه، عند ثامن مواليه. في ليلة القدر الوسطى وكان بها**وفاة حيدر الكرّار ذي الغيرِ يا من له جنّة المأوى غدت نزلاً**أرقد هناك فقلبي منك في سعرِ طويت عنّا بساط العلم معتلياً**فاهنأ بمقعد صدق عند مقتدرِ تاريخ رحلة عاماً فجعت به**وأسرى لنعمة باريه على قدر وهو أخي الأكبر صلّيت عليه في المسجد تحت القبّة جنب المنبرِ ودُفن في إيوان حجرة في الصحن الرضوي.